Le Caméléon, c'est l'histoire de Jarod, "un génie qui peut prendre n'importe quelle apparence", d'où son surnom et le nom de la série: le Caméléon.
Jarod est un homme normal, excepté qu'il a été enlevé vers quatre ans par un organisme appelé "Le Centre". Retenu prisonnier au Centre durant une trentaine d'années, obligé de faire des "simulations", il finit par s'échapper.
Une fois hors du Centre, on le voit découvrir la vie, ce qui donne droit à des scènes comiques surtout dans les deux premières saisons ( certaines grandes découvertes mémorables: les pizzas, la glace, et bien sûr les pezs, son péché mignon, car il est encore un peu un enfant ). Jarod découvre donc le monde extérieur au Centre, aide des gens grâce à son génie ( attention, il peut devenir très méchant !!! ), tout en cherchant sa famille qui lui échappe toujours et en tentant d'échapper au Centre qui veut absolumment le récupérer.
Mlle Parker est en effet désignée par le Centre pour retrouver et ramener Jarod, avec l'aide de Sydney qui s'est occupé de Jarod tout le temps où celui-ci était au Centre, et de Broots, un génie de l'informatique aux ordres de Mlle Parker. Mais Mlle Parker n'est pas le seul danger pour Jarod !! En effet, le Dr Raines, Mr Lyle, Mr Cox, tous membres du Centre et plus dangereux les uns que les autres, ainsi que différentes personnes suivant les épisodes donneront du fil à retordre à notre héros.
De plus, Jarod découvre aussi l'enfant qu'il a été en visionnant les DSA de ses simulations "for Center use only" où est enregistré tout son passé au Centre. Enfin, on découvre aussi plein de choses horribles sur le Centre au fil des épisodes.